V teoretické části diplomové práce byly charakterizovány bakterie mléčného kvašení se zaměřením na druh Lactococcus lactis. Dále byly popsány metody izolace bakteriální DNA, polymerázová řetězová reakce a její modifikace, zejména RAPD. Tato metoda byla popsána v rámci identifikace a rozlišení různých kmenů laktokoků či typizace bakterií mléčného kvašení. V praktické části byla provedena optimalizace metodiky izolace DNA z bakterií rodu Lactococcus a dále srovnání fingerprintu 16 studovaných kmenů Lactococcus lactis metodou RAPD s použitím různých primerů. Závěrem byly vyhodnoceny výsledky týkající se vzájemného odlišení poddruhů lactis a cremoris.
Annotation in English
In theoretical parts of Master thesis the lactic acid bacteria were characterized with a view to species Lactococcus lactis. Than the methods of isolation bacterial DNA, polymerase chain reaction (PCR) and its modification especially RAPD were described. RAPD method was characterized in terms of identification and separation of various strains of lactococci or typing of lactic acid bacteria (LAB). In practical parts the optimalization of methodics isolation DNA from bacteria of genus Lactococcus and subsequently the comparison of fingerprint of 16 Lactococcus lactis strains tested by RAPD method using the various primers were effected. At the conlusion the results of differentiation of species lactis and cremoris were evaluated.
V teoretické části diplomové práce byly charakterizovány bakterie mléčného kvašení se zaměřením na druh Lactococcus lactis. Dále byly popsány metody izolace bakteriální DNA, polymerázová řetězová reakce a její modifikace, zejména RAPD. Tato metoda byla popsána v rámci identifikace a rozlišení různých kmenů laktokoků či typizace bakterií mléčného kvašení. V praktické části byla provedena optimalizace metodiky izolace DNA z bakterií rodu Lactococcus a dále srovnání fingerprintu 16 studovaných kmenů Lactococcus lactis metodou RAPD s použitím různých primerů. Závěrem byly vyhodnoceny výsledky týkající se vzájemného odlišení poddruhů lactis a cremoris.
Annotation in English
In theoretical parts of Master thesis the lactic acid bacteria were characterized with a view to species Lactococcus lactis. Than the methods of isolation bacterial DNA, polymerase chain reaction (PCR) and its modification especially RAPD were described. RAPD method was characterized in terms of identification and separation of various strains of lactococci or typing of lactic acid bacteria (LAB). In practical parts the optimalization of methodics isolation DNA from bacteria of genus Lactococcus and subsequently the comparison of fingerprint of 16 Lactococcus lactis strains tested by RAPD method using the various primers were effected. At the conlusion the results of differentiation of species lactis and cremoris were evaluated.
Charakteristika bakterií mléčného kvašení, zaměření na druh Lactococcus lactis
Metoda PCR a její modifikace, zejména RAPD
II. Praktická část
Optimalizace metodiky izolace DNA z bakterií rodu Lactococcus
Srovnání fingerprintu 16 kmenů Lactococcus lactis
Research Plan
I. Teoretická část
Charakteristika bakterií mléčného kvašení, zaměření na druh Lactococcus lactis
Metoda PCR a její modifikace, zejména RAPD
II. Praktická část
Optimalizace metodiky izolace DNA z bakterií rodu Lactococcus
Srovnání fingerprintu 16 kmenů Lactococcus lactis
Recommended resources
[1] GORNER, F., VALÍK, L´. Aplikovaná mikrobiológia poživatin, Malé centrum 2004.
[2] AXELSSON, L. Lactic Acid Bacteria: Classification and Physiology, 2nd Edition, Marcel Dekker Inc, New York, 1998.
[3] COCCONCELI, P.S., GALANDHINI, S., SENINI, L. Development of RAPD protocol
for typing of lactic acid bakteria and enterococci, Letters in Applied Mikrobiology 21: 376-379, 1995.
[4] MACPHERSON, J., M., ECKSTEIN, P., E., SCOLES, G., J. a GAJADHAR, A., A.
Variability of the random polymorphic DNA essay aminy thermal cyclers and efect of primer and DNA concentration, Moll. Cell. Probes, 7, 293 - 229, 1993.
[5] SAMARŽIJA, D., SIKORA, S., REDŽEPOVIČ, S. Application of RAPD analysis for
identification of Lactococcus lactis subsp. cremoris strains isolated from artisanal cultures, Microbiol. Res. 157, 13 -17.
Recommended resources
[1] GORNER, F., VALÍK, L´. Aplikovaná mikrobiológia poživatin, Malé centrum 2004.
[2] AXELSSON, L. Lactic Acid Bacteria: Classification and Physiology, 2nd Edition, Marcel Dekker Inc, New York, 1998.
[3] COCCONCELI, P.S., GALANDHINI, S., SENINI, L. Development of RAPD protocol
for typing of lactic acid bakteria and enterococci, Letters in Applied Mikrobiology 21: 376-379, 1995.
[4] MACPHERSON, J., M., ECKSTEIN, P., E., SCOLES, G., J. a GAJADHAR, A., A.
Variability of the random polymorphic DNA essay aminy thermal cyclers and efect of primer and DNA concentration, Moll. Cell. Probes, 7, 293 - 229, 1993.
[5] SAMARŽIJA, D., SIKORA, S., REDŽEPOVIČ, S. Application of RAPD analysis for
identification of Lactococcus lactis subsp. cremoris strains isolated from artisanal cultures, Microbiol. Res. 157, 13 -17.
