Předmětem diplomové práce bylo sledování vývoje mikrobiální diverzity u modelových vzorků přírodních sýrů typu gouda od počátku výroby a během zrání. Pro účely této diplomové práce byly vybrány dva druhy obalových materiálů, ve kterých probíhalo zrání analyzovaných vzorků sýrů. Konkrétně se jednalo o sýrařský vosk a ochranný nátěr Plasticoat. Vybrané indikátorové skupiny mikroorganizmů byly následně stanovovány pomocí kultivačních a molekulárně-biologických metod. U kultivačního stanovení byla použita klasická plotnová metoda s využitím selektivně diagnostických půd. Pro molekulárněbiologické stanovení byla získaná mikrobiální DNA z modelových vzorků zmnožena pomocí metody PCR a následně separována za využití techniky denaturační gradientové gelové elektroforézy (DGGE). Pro sekvenování DNA byla využita Sangerova metoda a metoda NGS (Next-Generation Sequencing). Výsledky u obou metod prokázaly výraznou dominanci bakterií mléčného kvašení po celou dobu zrání. Ze všech modelových vzorků sýrů byl izolován Lactococcus lactis subsp. lactis. Izolovaná mikroflóra jednotlivých modelových vzorků sýrů se odvíjela od použitých startovacích kultur.
Annotation in English
The aim of this thesis was to monitor the development of microbial diversity in model samples of natural Gouda cheeses from production and during ripening. For the purpose of this work two types of packaging materials were used for ripening. Specifically it was a wax used for cheeses and protective coating called Plasticoat. Selected indicative groups of microorganisms were analysed with use of cultivation and molecular biological methods. Plate method using selective-diagnostic media was used for the culture assay. Microbial DNA obtained from model samples was multiplied by PCR method and separated using the DGGE technique. The Sanger method and Next-Generation Sequencing (NGS) were used for DNA sequencing. The results of both methods showed a dominance of lactic acid bacteria during the cheese maturing. Lactococcus lactis subsp. lactis was isolated from all cheese model samples. The isolated microflora of the model cheese samples was derived from used starter cultures.
Keywords
Klíčová slova: přírodní sýr, zrání sýrů, kultivační stanovení mikroorganizmů, izolace DNA z přírodních sýrů, PCR, DGGE, sekvenace DNA
Keywords in English
ripened cheese, cheese ripening, culture determination of microorganisms,
DNA isolation from natural cheeses, PCR, DGGE, DNA sequencing
Length of the covering note
68
Language
CZ
Annotation
Předmětem diplomové práce bylo sledování vývoje mikrobiální diverzity u modelových vzorků přírodních sýrů typu gouda od počátku výroby a během zrání. Pro účely této diplomové práce byly vybrány dva druhy obalových materiálů, ve kterých probíhalo zrání analyzovaných vzorků sýrů. Konkrétně se jednalo o sýrařský vosk a ochranný nátěr Plasticoat. Vybrané indikátorové skupiny mikroorganizmů byly následně stanovovány pomocí kultivačních a molekulárně-biologických metod. U kultivačního stanovení byla použita klasická plotnová metoda s využitím selektivně diagnostických půd. Pro molekulárněbiologické stanovení byla získaná mikrobiální DNA z modelových vzorků zmnožena pomocí metody PCR a následně separována za využití techniky denaturační gradientové gelové elektroforézy (DGGE). Pro sekvenování DNA byla využita Sangerova metoda a metoda NGS (Next-Generation Sequencing). Výsledky u obou metod prokázaly výraznou dominanci bakterií mléčného kvašení po celou dobu zrání. Ze všech modelových vzorků sýrů byl izolován Lactococcus lactis subsp. lactis. Izolovaná mikroflóra jednotlivých modelových vzorků sýrů se odvíjela od použitých startovacích kultur.
Annotation in English
The aim of this thesis was to monitor the development of microbial diversity in model samples of natural Gouda cheeses from production and during ripening. For the purpose of this work two types of packaging materials were used for ripening. Specifically it was a wax used for cheeses and protective coating called Plasticoat. Selected indicative groups of microorganisms were analysed with use of cultivation and molecular biological methods. Plate method using selective-diagnostic media was used for the culture assay. Microbial DNA obtained from model samples was multiplied by PCR method and separated using the DGGE technique. The Sanger method and Next-Generation Sequencing (NGS) were used for DNA sequencing. The results of both methods showed a dominance of lactic acid bacteria during the cheese maturing. Lactococcus lactis subsp. lactis was isolated from all cheese model samples. The isolated microflora of the model cheese samples was derived from used starter cultures.
Keywords
Klíčová slova: přírodní sýr, zrání sýrů, kultivační stanovení mikroorganizmů, izolace DNA z přírodních sýrů, PCR, DGGE, sekvenace DNA
Keywords in English
ripened cheese, cheese ripening, culture determination of microorganisms,
DNA isolation from natural cheeses, PCR, DGGE, DNA sequencing
Research Plan
I. Teoretická část
Mikroorganizmy využívané v technologii výroby přírodních sýrů
Úloha mikroflóry při zrání přírodních sýrů
II. Praktická část
Kultivační stanovení vybraných indikátorových skupin mikroorganizmů během výroby a zrání modelových vzorků přírodních sýrů
Sledování diverzity mikroflóry výroby a zrání modelových vzorků přírodních sýrů non-kultivačními molekulárně-biologickými metodami
Vyhodnocení výsledků a formulace závěrů práce
Research Plan
I. Teoretická část
Mikroorganizmy využívané v technologii výroby přírodních sýrů
Úloha mikroflóry při zrání přírodních sýrů
II. Praktická část
Kultivační stanovení vybraných indikátorových skupin mikroorganizmů během výroby a zrání modelových vzorků přírodních sýrů
Sledování diverzity mikroflóry výroby a zrání modelových vzorků přírodních sýrů non-kultivačními molekulárně-biologickými metodami
Vyhodnocení výsledků a formulace závěrů práce
Recommended resources
[1] DONNELLY, CATHERINE W. Cheese and microbes. Washington, DC: ASM Press, 2014, 333 s. ISBN 978-1-55581-586-8.
[2] FOX, P.F. Cheese: chemistry, physics, and microbiology. Volumes 1-2, General aspects. 3rd ed. San Diego: Academic, 2004, 2 sv. ISBN 012263652X.
[3] QUIGLEY, L., O´SULIVAN, O., BERESFORD, T.P., ROSS, R.P., FITZGERALD, G.F., COTTER, P.D. Molecular approaches to analysing the microbial composition of raw milk and raw milk cheese. International Journal of Food Microbiology, 150: 81-94. 2011.
[4] NDOYE, B., RASOLOFO, E.A., LAPOINTE, G., ROY, D. A review of the molecular approaches to investigate the diversity and activity of cheese microbiota. Dairy Science and Technology, 91: 495-524. 2011.
[5] Elektronické zdroje dostupné z knihovny UTB ve Zlíně.
Recommended resources
[1] DONNELLY, CATHERINE W. Cheese and microbes. Washington, DC: ASM Press, 2014, 333 s. ISBN 978-1-55581-586-8.
[2] FOX, P.F. Cheese: chemistry, physics, and microbiology. Volumes 1-2, General aspects. 3rd ed. San Diego: Academic, 2004, 2 sv. ISBN 012263652X.
[3] QUIGLEY, L., O´SULIVAN, O., BERESFORD, T.P., ROSS, R.P., FITZGERALD, G.F., COTTER, P.D. Molecular approaches to analysing the microbial composition of raw milk and raw milk cheese. International Journal of Food Microbiology, 150: 81-94. 2011.
[4] NDOYE, B., RASOLOFO, E.A., LAPOINTE, G., ROY, D. A review of the molecular approaches to investigate the diversity and activity of cheese microbiota. Dairy Science and Technology, 91: 495-524. 2011.
[5] Elektronické zdroje dostupné z knihovny UTB ve Zlíně.
