Práce se zaměřuje na sledování mikrobiálního zastoupení v horninovém prostředí, které bylo kontaminováno ropnými uhlovodíky. V rámci práce byla použita molekulárně biologická metoda, která se řadí mezi kultivačně nezávislé metody TGGE (gelová elektroforéza v teplotním gradientu). Metoda TGGE byla optimalizována pro analýzu zastoupení domény Archaea ve vzorcích půd a digestátu z bioplynové stanice. Podrobněji bylo sledováno mikrobiální zastoupení bakterií během biodegradace ropných uhlovodíků v sanovaných půdách. Při aplikaci modifikovaného Fentonova činidla bylo možno sledovat snížení mikrobiálního osídlení. Během bioremediace docházelo k očekávanému vzrůstu počtu druhů mikroorganismů. V případě aplikace persulfátu a elektrického proudu bylo možno pozorovat oživení mikrobiálních společenstev v jílovém prostředí a snížení mikrobiálního osídlení ve štěrku.
Annotation in English
The work focuses on the monitoring of microbial communities in soils contaminated with petroleum hydrocarbons. Within the work a molecular biology method was used which belongs among the cultivation independent methods - TGGE (temperature gradient gel electrophoresis). TGGE has been optimized for the domain Archaea for the samples from the soil environment within this work. To optimize TGGE, samples of digestion liquor from biogas plants have also been used. We studied the presence of microorganisms during the biodegradation of petroleum hydrocarbons in rehabilitated soils in details. When applying the modified Fenton's reagent the reduction of microbial colonization was observed. During bioremediation increase in the number of species of microorganisms occurred, which was expected. In the case of applications of persulfate and electric current recovery of microbial communities was observed in the clay environment and the reduction of microbial colonization in the gravel.
Práce se zaměřuje na sledování mikrobiálního zastoupení v horninovém prostředí, které bylo kontaminováno ropnými uhlovodíky. V rámci práce byla použita molekulárně biologická metoda, která se řadí mezi kultivačně nezávislé metody TGGE (gelová elektroforéza v teplotním gradientu). Metoda TGGE byla optimalizována pro analýzu zastoupení domény Archaea ve vzorcích půd a digestátu z bioplynové stanice. Podrobněji bylo sledováno mikrobiální zastoupení bakterií během biodegradace ropných uhlovodíků v sanovaných půdách. Při aplikaci modifikovaného Fentonova činidla bylo možno sledovat snížení mikrobiálního osídlení. Během bioremediace docházelo k očekávanému vzrůstu počtu druhů mikroorganismů. V případě aplikace persulfátu a elektrického proudu bylo možno pozorovat oživení mikrobiálních společenstev v jílovém prostředí a snížení mikrobiálního osídlení ve štěrku.
Annotation in English
The work focuses on the monitoring of microbial communities in soils contaminated with petroleum hydrocarbons. Within the work a molecular biology method was used which belongs among the cultivation independent methods - TGGE (temperature gradient gel electrophoresis). TGGE has been optimized for the domain Archaea for the samples from the soil environment within this work. To optimize TGGE, samples of digestion liquor from biogas plants have also been used. We studied the presence of microorganisms during the biodegradation of petroleum hydrocarbons in rehabilitated soils in details. When applying the modified Fenton's reagent the reduction of microbial colonization was observed. During bioremediation increase in the number of species of microorganisms occurred, which was expected. In the case of applications of persulfate and electric current recovery of microbial communities was observed in the clay environment and the reduction of microbial colonization in the gravel.
1. Proveďte literární rešerši na dané téma. 2. Pokuste se metodicky zvládnout metodu TGGE. 3. Adaptujte postup provedení TGGE pro analýzu Archaea. 4. Analyzujte bakteriální společenstva ve zvolených vzorcích. 5. Výsledky přehledně zpracujte do formy DP.
Research Plan
1. Proveďte literární rešerši na dané téma. 2. Pokuste se metodicky zvládnout metodu TGGE. 3. Adaptujte postup provedení TGGE pro analýzu Archaea. 4. Analyzujte bakteriální společenstva ve zvolených vzorcích. 5. Výsledky přehledně zpracujte do formy DP.
Recommended resources
Články v odborných periodicích dostupných v databázích WebOfScience, Scopus, případně dalších.
Recommended resources
Články v odborných periodicích dostupných v databázích WebOfScience, Scopus, případně dalších.
