Molekulová dynamika simuluje chování systémů na základě řešení pohybových rovnic jednotlivých atomů, přičemž vychází z párových vazebných a nevazebných interakcí mezi atomy. Díky nižší časové i finanční náročnosti oproti reálným experimentům jsou metody molekulové dynamiky stále častěji využívány ke studiu struktury a vlastností makromolekul.
Cílem práce je popsat vliv různých iontů na strukturu hyaluronanu na základě simulací v programu NAMD, navrhnout charakteristiky náhodného klubka, které by možné srovnat s experimenty, a tyto charakteristiky následně naměřit pomocí dostupných experimentálních metod.
Annotation in English
Molecular dynamics is a technique for computer simulations of complex systems, based on the bonded and non-bonded interactions between all pairs of atoms. These methods are more and more often used to investigate the structure and properties of molecules, because computer modelling is faster and less expensive than real experiments.
This thesis is focused on hyaluronan-ions effects using the molecular dynamics software NAMD. Appropriate characteristics of hyaluronan random coils ought to be suggested, calculated from simulations and measured using available experimental methods.
molecular dynamics, polysacharide, radius of gyration, hydrodynamic radius
Length of the covering note
59 s. (58 528 znaků)
Language
CZ
Annotation
Molekulová dynamika simuluje chování systémů na základě řešení pohybových rovnic jednotlivých atomů, přičemž vychází z párových vazebných a nevazebných interakcí mezi atomy. Díky nižší časové i finanční náročnosti oproti reálným experimentům jsou metody molekulové dynamiky stále častěji využívány ke studiu struktury a vlastností makromolekul.
Cílem práce je popsat vliv různých iontů na strukturu hyaluronanu na základě simulací v programu NAMD, navrhnout charakteristiky náhodného klubka, které by možné srovnat s experimenty, a tyto charakteristiky následně naměřit pomocí dostupných experimentálních metod.
Annotation in English
Molecular dynamics is a technique for computer simulations of complex systems, based on the bonded and non-bonded interactions between all pairs of atoms. These methods are more and more often used to investigate the structure and properties of molecules, because computer modelling is faster and less expensive than real experiments.
This thesis is focused on hyaluronan-ions effects using the molecular dynamics software NAMD. Appropriate characteristics of hyaluronan random coils ought to be suggested, calculated from simulations and measured using available experimental methods.
molecular dynamics, polysacharide, radius of gyration, hydrodynamic radius
Research Plan
Prostudujte dostupnou literaturu a informační zdroje vztahující se k zadanému tématu.
Vypracujte literární rešerši na zadané téma.
Popište vliv iontů na sekundární strukturu hyaluronanu na základě simulací v programu NAMD a na základě experimentů.
Research Plan
Prostudujte dostupnou literaturu a informační zdroje vztahující se k zadanému tématu.
Vypracujte literární rešerši na zadané téma.
Popište vliv iontů na sekundární strukturu hyaluronanu na základě simulací v programu NAMD a na základě experimentů.
Recommended resources
Mendichi R., Šoltés L., Schieroni A. G., Evaluation of Radius of Gyration and Intrinsic Viscosity Molar Mass Dependence and Stiffness of Hyaluronan. Biomacromolecules 4, 1805-1810 (2003).
Gribbon P., Heng B. C., Hardingham T. E., The analysis of intermolecular interactions in concentrated hyaluronan solutions suggest no evidence for chain-chain association. Biochem. J. 350, 329-335 (2000).
Gřundělová L., Mráček A. et al., The Influence of quarternary salt on hyaluronan conformation and particle size in solution. Carbohydrate Polymers 98, 1039-1044 (2013).
Iwahara J., Esadze A., Zandarashvili L., Review: Physicochemical Properties of Ion Pairs of Biological Macromolecules. Biomolecules 5, 2435-2463 (2015).
Recommended resources
Mendichi R., Šoltés L., Schieroni A. G., Evaluation of Radius of Gyration and Intrinsic Viscosity Molar Mass Dependence and Stiffness of Hyaluronan. Biomacromolecules 4, 1805-1810 (2003).
Gribbon P., Heng B. C., Hardingham T. E., The analysis of intermolecular interactions in concentrated hyaluronan solutions suggest no evidence for chain-chain association. Biochem. J. 350, 329-335 (2000).
Gřundělová L., Mráček A. et al., The Influence of quarternary salt on hyaluronan conformation and particle size in solution. Carbohydrate Polymers 98, 1039-1044 (2013).
Iwahara J., Esadze A., Zandarashvili L., Review: Physicochemical Properties of Ion Pairs of Biological Macromolecules. Biomolecules 5, 2435-2463 (2015).
