V této práci jsou studovány látky s inhibičním účinkem, které produkují bakterie rodu Pseudomonas. Pozornost je věnována zejména bakteriocinům, které se u bakterií rodu Pseudomonas nazývají pyociny. Pyociny spadají do skupiny bílkovinných látek, jež mají antimikrobiální účinky. Současný pokrok v sekvenačních technikách přispívá k rozvoji a rychlému rozšiřování genomových databází. Tyto sekvence lze porovnávat s nově sekvenovanými částmi DNA a je možné zjistit, zda příslušný kmen disponuje geny pro produkci pyocinů. Přestože studovaný kmen Pseudomonas fulva 373 produkuje látky s inhibičním účinkem, po srovnání s databází anotovaných genomů bylo zjištěno, že se u této bakterie nevyskytuje žádný dosud popsaný pyocin. Mohlo by to znamenat produkci nového, zatím nepopsaného bakteriocinu.
Anotace v angličtině
In this work, substances with an inhibitory activity produced by Pseudomonas genus were studied. The focus was on bacteriocins of Pseudomonas which are called pyocins. Pyocins belong into a group of protein based compounds that have an antimicrobial activity. Genome sequencing techniques developed a new approaches and utilization of identifying a large number of pyocins. Extensively growing databases provide a lot of genomic records. These sequences can be compared to newly sequenced DNA parts, and it is possible to determine whether the studied strain has genes for pyocin production. Although the studied strain of Pseudomonas fulva 373 produces compounds with an inhibition activity. In comparison with annotated genomes in database, it was found out that no pyocin has been found in this strain. It could mean the production of a new, still undiscovered bacteriocin.
Klíčová slova
Pseudomonas, pyocin, genom, inhibice, DNA sekvenování
Klíčová slova v angličtině
Pseudomonas, pyocin, genome, inhibition activity, DNA sequencing
Rozsah průvodní práce
91
Jazyk
CZ
Anotace
V této práci jsou studovány látky s inhibičním účinkem, které produkují bakterie rodu Pseudomonas. Pozornost je věnována zejména bakteriocinům, které se u bakterií rodu Pseudomonas nazývají pyociny. Pyociny spadají do skupiny bílkovinných látek, jež mají antimikrobiální účinky. Současný pokrok v sekvenačních technikách přispívá k rozvoji a rychlému rozšiřování genomových databází. Tyto sekvence lze porovnávat s nově sekvenovanými částmi DNA a je možné zjistit, zda příslušný kmen disponuje geny pro produkci pyocinů. Přestože studovaný kmen Pseudomonas fulva 373 produkuje látky s inhibičním účinkem, po srovnání s databází anotovaných genomů bylo zjištěno, že se u této bakterie nevyskytuje žádný dosud popsaný pyocin. Mohlo by to znamenat produkci nového, zatím nepopsaného bakteriocinu.
Anotace v angličtině
In this work, substances with an inhibitory activity produced by Pseudomonas genus were studied. The focus was on bacteriocins of Pseudomonas which are called pyocins. Pyocins belong into a group of protein based compounds that have an antimicrobial activity. Genome sequencing techniques developed a new approaches and utilization of identifying a large number of pyocins. Extensively growing databases provide a lot of genomic records. These sequences can be compared to newly sequenced DNA parts, and it is possible to determine whether the studied strain has genes for pyocin production. Although the studied strain of Pseudomonas fulva 373 produces compounds with an inhibition activity. In comparison with annotated genomes in database, it was found out that no pyocin has been found in this strain. It could mean the production of a new, still undiscovered bacteriocin.
Klíčová slova
Pseudomonas, pyocin, genom, inhibice, DNA sekvenování
Klíčová slova v angličtině
Pseudomonas, pyocin, genome, inhibition activity, DNA sequencing
Zásady pro vypracování
I. Teoretická část
Zástupci rodu Pseudomonas
Inhibiční látky produkované bakteriemi rodu Pseudomonas
[1] MICHEL-BRIAND, Y., BAYSSE, C. 2002. The pyocins of Pseudomonas aeruginosa. Biochimie, 84 (5-6),499-510.
[2] RILEY, M.A., WERTZ, J.E. 2002. Bacteriocins: evolution, ecology, and application. Annu Rev Microbiol., 56, 117-37.
[3] CASCALES, E., BUCHANAN, S.K., DUCHÉ, D., KLEANTHOUS, C., LLOUB?S, R., POSTLE, K., RILEY, M., SLATIN, S., CAVARD, D. 2007. Colicin biology. Microbiol Mol Biol Rev., 71(1), 158-229. DOI:10.1128/MMBR.00036-06.
[4] FRANCE, M.T., REMOLD, S.K. 2016. Interference Competition Among Household Strains of Pseudomonas. Microb Ecol., 72(4), 821-830. DOI: 10.1007/s00248-015-0652-1.
Seznam doporučené literatury
[1] MICHEL-BRIAND, Y., BAYSSE, C. 2002. The pyocins of Pseudomonas aeruginosa. Biochimie, 84 (5-6),499-510.
[2] RILEY, M.A., WERTZ, J.E. 2002. Bacteriocins: evolution, ecology, and application. Annu Rev Microbiol., 56, 117-37.
[3] CASCALES, E., BUCHANAN, S.K., DUCHÉ, D., KLEANTHOUS, C., LLOUB?S, R., POSTLE, K., RILEY, M., SLATIN, S., CAVARD, D. 2007. Colicin biology. Microbiol Mol Biol Rev., 71(1), 158-229. DOI:10.1128/MMBR.00036-06.
[4] FRANCE, M.T., REMOLD, S.K. 2016. Interference Competition Among Household Strains of Pseudomonas. Microb Ecol., 72(4), 821-830. DOI: 10.1007/s00248-015-0652-1.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Studentka potvrdila hodnocení vedoucího práce jistým, vyčerpávajícím způsobem. Prokázala hluboké znalosti teoretických zásad studované problematiky. K obhajobě diplomové práce nebyly ze strany komise žádné připomínky.