Tato bakalářská práce pojednává o bakterii Escherichia coli, která byla izolována z potravin rostlinného původu. U 16 kmenů izolovaných ze zeleniny zakoupených v obchodní síti byla zkoumána jejich antibiotická rezistence pomocí diskové difúzní metody, produkce bakteriocinů pomocí vpichového testu a byla zjišťována přítomnost faktorů virulence metodou PCR. Bylo zjištěno, že žádný izolovaný kmen není producentem bakteriocinů a nemá sledované faktory virulence. Antibiotická rezistence byla prokázána u 15 ze 16 testovaných kmenů. Tyto kmeny byly citlivé k baktericidním antibiotikům převážně patřící do skupiny betalaktamových antibiotik.
Annotation in English
This bachelor thesis deals with the bacterium Escherichia coli, which was isolated from food of plant origin. In 16 strains isolated from vegetables, which were obtained in the supermarkets, their antibiotic resistence was investigated using a disk diffusion method, bacteriocin production by means of virulent factors by PCR was investigated. It has been found that no isolated strains is a bacteriocin product and has no virulence. Antibiotic resistence was demonstrated in 15 of the 16 strains tested. These strains were susceptible to bactericidal antibiotics, which predominantly belong to the group of betalactam antibiotics.
Tato bakalářská práce pojednává o bakterii Escherichia coli, která byla izolována z potravin rostlinného původu. U 16 kmenů izolovaných ze zeleniny zakoupených v obchodní síti byla zkoumána jejich antibiotická rezistence pomocí diskové difúzní metody, produkce bakteriocinů pomocí vpichového testu a byla zjišťována přítomnost faktorů virulence metodou PCR. Bylo zjištěno, že žádný izolovaný kmen není producentem bakteriocinů a nemá sledované faktory virulence. Antibiotická rezistence byla prokázána u 15 ze 16 testovaných kmenů. Tyto kmeny byly citlivé k baktericidním antibiotikům převážně patřící do skupiny betalaktamových antibiotik.
Annotation in English
This bachelor thesis deals with the bacterium Escherichia coli, which was isolated from food of plant origin. In 16 strains isolated from vegetables, which were obtained in the supermarkets, their antibiotic resistence was investigated using a disk diffusion method, bacteriocin production by means of virulent factors by PCR was investigated. It has been found that no isolated strains is a bacteriocin product and has no virulence. Antibiotic resistence was demonstrated in 15 of the 16 strains tested. These strains were susceptible to bactericidal antibiotics, which predominantly belong to the group of betalactam antibiotics.
Charakteristika izolovaných kmenů - produkce bakteriocinů, antibiotická rezistence a faktory virulence
Research Plan
I. Teoretická část:
Escherichia coli - základní charakteristika druhu
Výskyt E. coli v potravinách
Typizace a charakteristika kmenů E. coli
II. Praktická část
Izolace E. coli z potravin rostlinného původu
Charakteristika izolovaných kmenů - produkce bakteriocinů, antibiotická rezistence a faktory virulence
Recommended resources
[1] GORDON, David M., Olivier CLERMONT, Heather TOLLEY a Eric DENAMUR. Assigning Escherichia coli strains to phylogenetic groups: muti-locus sequence typing versus the PCR triplex method. Enviromental Microbiology. 2008, vol. 10, issue 10, s. 2484 - 2496.DOI: 10.1111/j.1462-2920.2008.01669.x. Dostupné z: http://doi.wiley.com/10.1111/j.1462-2920.2008.01669.
[2]LEVIN, Robert E. Rapid detection and characterization of foodborne pathogens by molecular techniques. Boce Raton: CRC Press, c2010, xv, 592 s. ISBN 978 - 1- 4200 - 9242 - 4.
[3] ŠMAJS, david, Lenka MICENKOVÁ, Jan ŠMARDA, Martin VRBA, Alena ŠEVČÍKOVÁ, Zuzana VALIŠOVÁ a Vladana WOZNICOVÁ. Bacteriocin synthesis in uropthogenic and commensal Escherichia coli: colicin E1 is a potential virulence factor. BMC Microbiology. 2010, vol. 10, issue 1, s. 288-.DOI: 10.1186/1471 - 2180 - 10 - 288. Dostupné z: http://www.biomedcentral.com/1471-2180/10/288.
[4] KUHNERT, P., BOERLIN, P., FREY, J. Target genes for virulence assessment of Escherichia coli isolates from water, food and the environment. FEMS Microbiology Reviews. 2000, roč. 24, č. 1, s. 107-117. ISSN 1574-6976.
[5] SKOČKOVÁ, A., KARPÍŠKOVÁ, R., KOLÁČKOVÁ, I., CUPÁKOVÁ, Š. Characteristics of Escherichia coli from raw vegetables at a retail market in the Czech Republic. International Journal of Food Microbiology. 2013, roč. 167, č. 2, s. 196-201. ISSN 01681605.
Recommended resources
[1] GORDON, David M., Olivier CLERMONT, Heather TOLLEY a Eric DENAMUR. Assigning Escherichia coli strains to phylogenetic groups: muti-locus sequence typing versus the PCR triplex method. Enviromental Microbiology. 2008, vol. 10, issue 10, s. 2484 - 2496.DOI: 10.1111/j.1462-2920.2008.01669.x. Dostupné z: http://doi.wiley.com/10.1111/j.1462-2920.2008.01669.
[2]LEVIN, Robert E. Rapid detection and characterization of foodborne pathogens by molecular techniques. Boce Raton: CRC Press, c2010, xv, 592 s. ISBN 978 - 1- 4200 - 9242 - 4.
[3] ŠMAJS, david, Lenka MICENKOVÁ, Jan ŠMARDA, Martin VRBA, Alena ŠEVČÍKOVÁ, Zuzana VALIŠOVÁ a Vladana WOZNICOVÁ. Bacteriocin synthesis in uropthogenic and commensal Escherichia coli: colicin E1 is a potential virulence factor. BMC Microbiology. 2010, vol. 10, issue 1, s. 288-.DOI: 10.1186/1471 - 2180 - 10 - 288. Dostupné z: http://www.biomedcentral.com/1471-2180/10/288.
[4] KUHNERT, P., BOERLIN, P., FREY, J. Target genes for virulence assessment of Escherichia coli isolates from water, food and the environment. FEMS Microbiology Reviews. 2000, roč. 24, č. 1, s. 107-117. ISSN 1574-6976.
[5] SKOČKOVÁ, A., KARPÍŠKOVÁ, R., KOLÁČKOVÁ, I., CUPÁKOVÁ, Š. Characteristics of Escherichia coli from raw vegetables at a retail market in the Czech Republic. International Journal of Food Microbiology. 2013, roč. 167, č. 2, s. 196-201. ISSN 01681605.
