Bakalářská práce fenomenologicky popisuje interakce hyaluronanu s různými ionty na základě simulací metodou molekulové dynamiky v programu NAMD. Výsledky simulací práce dává do souvislosti s dříve publikovanými teoriemi a hypotézami, jakou jsou Hofmeistrova řada iontů nebo párování iontů s podobnou afinitou k vodě.
Anotace v angličtině
The thesis phenomenologically describes the interaction of hyaluronan with various ions based on simulations using the method of molecular dynamics in NAMD program. The results of simulation the thesis puts into context with the previously published theories and hypotheses, such as the Hofmeister series of ions and the ions pairing with similar affinity to water.
Klíčová slova
molekulová dynamika, polysacharid, vodíkový můstek, Hofmeisterova řada
Bakalářská práce fenomenologicky popisuje interakce hyaluronanu s různými ionty na základě simulací metodou molekulové dynamiky v programu NAMD. Výsledky simulací práce dává do souvislosti s dříve publikovanými teoriemi a hypotézami, jakou jsou Hofmeistrova řada iontů nebo párování iontů s podobnou afinitou k vodě.
Anotace v angličtině
The thesis phenomenologically describes the interaction of hyaluronan with various ions based on simulations using the method of molecular dynamics in NAMD program. The results of simulation the thesis puts into context with the previously published theories and hypotheses, such as the Hofmeister series of ions and the ions pairing with similar affinity to water.
Klíčová slova
molekulová dynamika, polysacharid, vodíkový můstek, Hofmeisterova řada
Prostudujte dostupnou literaturu a informační zdroje vztahující se k zadanému tématu.
Vypracujte literární rešerši na zadané téma.
Popište interakce hyaluronanu s různými ionty na základě simulací v programu NAMD.
Zásady pro vypracování
Prostudujte dostupnou literaturu a informační zdroje vztahující se k zadanému tématu.
Vypracujte literární rešerši na zadané téma.
Popište interakce hyaluronanu s různými ionty na základě simulací v programu NAMD.
Seznam doporučené literatury
Jungwirth P., Molekuly a ionty v pohybu: Počítačové simulace biochemických a biofyzikálních procesů. Chem. Listy 108, 278-284 (2014).
Ivanov D., Neamtu A., Molecular dynamics evaluation of hyaluronan interactions with dimethylsilanediol in aqueous solution. Rev. Roum. Chim. 58(2-3), 229-238 (2013).
Almond A., DeAngelis P. L., Blundell Ch. D., Hyaluronan: The Local Solution Conformation Determined by NMR and Computer Modeling is Close a Contracted Left-handed 4-Fold Helix. J. Mol. Biol. 358, 1256-1269 (2006).
Zhang Y., Cremer P. S., Interactions between macromolecules and ions: The Hofmeister series. Current Opinion in Chemical Biology 10, 658-663.
Seznam doporučené literatury
Jungwirth P., Molekuly a ionty v pohybu: Počítačové simulace biochemických a biofyzikálních procesů. Chem. Listy 108, 278-284 (2014).
Ivanov D., Neamtu A., Molecular dynamics evaluation of hyaluronan interactions with dimethylsilanediol in aqueous solution. Rev. Roum. Chim. 58(2-3), 229-238 (2013).
Almond A., DeAngelis P. L., Blundell Ch. D., Hyaluronan: The Local Solution Conformation Determined by NMR and Computer Modeling is Close a Contracted Left-handed 4-Fold Helix. J. Mol. Biol. 358, 1256-1269 (2006).
Zhang Y., Cremer P. S., Interactions between macromolecules and ions: The Hofmeister series. Current Opinion in Chemical Biology 10, 658-663.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
tabulky
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Otázky vedoucího BP: Navrhněte další charakteristiky studovaného systému, které by vaše výsledky mohly potvrdit či doplnit.
Otázky oponenta BP: 1. Prezentované simulace byly prováděny na dvojicích molekul kyseliny hyaluronanu, práce se však nezabývá jejich vzájemnou interakcí. Byly během simulací pozorovány interakce řetězců prostřednictvím iontového párování? Pokud ano, liší se intenzita a četnost těchto interakcí v závislosti na přítomném kationtu, popřípadě vzájemné orientaci řetězců?
2. V části 6.3 studujete závislost konformace molekuly na přítomném kationtu prostřednictvím délky šestice monosacharidových jednotek. Toto měření se ukázalo jako statisticky nevýznamné, přesto ale dává tušit určité trendy. Jaké byste navrhl změny a vylepšení ve výpočetních porcedurách, aby došlo k posílení statistické významnosti studované veličiny a dosud nejasné trendy byly buď potvrzeny, nebo vyvráceny?
Student přednesl stěžejní výsledky své BP a odpověděl uspokojivě na dotazy vedoucího a oponenta. Z řad komise byly vzneseny následující dotazy:
1. Z kolika hodnot byly počítány směrodatné odchylky jednotlivých sledovaných parametrů? - doc. Nevěčná
2. Zkoušel jste ještě v simulaci počítat s tím, že sodná sůl HA při rozpuštění ve vodě vždy do systémů s sebou přináší sodné ionty? Pokud nikoliv, bylo by dobré simulovat ještě další systémy, kdy s ionty HŘ jsou také ionty sodné. - doc. Mráček
3. Při modelování jste nastavoval proměnné. Můžete uvést příklad, které to jsou? - doc. Slobodian
Student přednesl stěžejní výsledky své BP a odpověděl uspokojivě na dotazy vedoucího a oponenta. Z řad komise byly vzneseny následující dotazy: