Možnosti detekce mikroorganismů v potravinách či jiných kulturách je celá řada. Od klasických biologických metod léty ověřených až po moderní, molekulárně biologické, které slouží k přímé detekci a průkazu přítomnosti nejen patogenních mikroorganismů ve vyšetřovaných vzorcích.
V této práci byly použity dvě takové biologické metody. Klasické kultivace, pomocí které jsme si ověřili růst a přítomnost 10 vybraných kmenů bakterií rodu Clostridium na 5 druzích půd. Díky ní jsme také získali vzorky čistých kultur pro použití pro polymerázovou řetězovou reakci (PCR) s detekcí pomocí agarosové gelové elektroforézy s následnou UV vizualizací.
Annotation in English
There are many posibilities of microbial detection in foods and clinical samples. From classical biological methods to modern molecular biological technology for the de-termination for the direct detection and document of present not only pathogens microor-ganisms in the examinant cultures.
In this work are used the such as two biological methods. The traditional cultural techniques for the direct isolation and occurence of 10 selected strains of Clostridium bac-teria. So we obtained samples ''clear cultures‘‘ for using in the others method, the poly-merase chain reaction (PCR) with detection of agarose gel electrophoresis with UV visu-alization.
Keywords
detekce, bakterie rodu Clostridium, kultivace, polymerázová řetězová reakce (PCR)
Možnosti detekce mikroorganismů v potravinách či jiných kulturách je celá řada. Od klasických biologických metod léty ověřených až po moderní, molekulárně biologické, které slouží k přímé detekci a průkazu přítomnosti nejen patogenních mikroorganismů ve vyšetřovaných vzorcích.
V této práci byly použity dvě takové biologické metody. Klasické kultivace, pomocí které jsme si ověřili růst a přítomnost 10 vybraných kmenů bakterií rodu Clostridium na 5 druzích půd. Díky ní jsme také získali vzorky čistých kultur pro použití pro polymerázovou řetězovou reakci (PCR) s detekcí pomocí agarosové gelové elektroforézy s následnou UV vizualizací.
Annotation in English
There are many posibilities of microbial detection in foods and clinical samples. From classical biological methods to modern molecular biological technology for the de-termination for the direct detection and document of present not only pathogens microor-ganisms in the examinant cultures.
In this work are used the such as two biological methods. The traditional cultural techniques for the direct isolation and occurence of 10 selected strains of Clostridium bac-teria. So we obtained samples ''clear cultures‘‘ for using in the others method, the poly-merase chain reaction (PCR) with detection of agarose gel electrophoresis with UV visu-alization.
Keywords
detekce, bakterie rodu Clostridium, kultivace, polymerázová řetězová reakce (PCR)
Charakteristika, výskyt, význam a taxonomie bakterie rodu Clostridium.
Detekce anaerobních bakterií a jejich způsob kultivace.
Non-kultivační metody detekce bakterií rodu Clostridium.
II. Praktická část
Detekce bakterií rodu Clostridium různými kultivačními technikami.
Detekce bakterií rodu Clostridium non-kultivačními metodami.
Research Plan
I. Teoretická část
Charakteristika, výskyt, význam a taxonomie bakterie rodu Clostridium.
Detekce anaerobních bakterií a jejich způsob kultivace.
Non-kultivační metody detekce bakterií rodu Clostridium.
II. Praktická část
Detekce bakterií rodu Clostridium různými kultivačními technikami.
Detekce bakterií rodu Clostridium non-kultivačními metodami.
Recommended resources
[1] Görner F. A Valík Ľ., Aplikovaná mikrobiológia požívatín, Malé centrum 2004.
[2] Jay J. M., Modern Food Microbiology, 6th Edition, Aspen Publishers, Maryland, 2000.
[3] Aranda E., Rodríguez M. M., Assensio M.A. and Córdoba J.J., Detection of Clostridium botulinum types A, B, E and F in foods by PCR and DNA probe., Lett. Appl. Microbiol 25, 1997, 186-1900.
[4] Herman L. M. F., De Block J. H. G. E. and Waes G. M. A. V. J., A direct PCR detection method for Clostridium tyrobutyricum spores in up to 100 milliliters of raw milk, Appl. Environ. Microbiol 61, 1995, 4141-4146.
[5] Klijn N., Nieuwenhof F. F. J., Hoolwerf J. D. et al., Identification of Clostridium tyrobutyricum as the causative agent of late blowing in cheese by species-specific PCR amplication, Appl. Environ. Microbiol. 61, 1995, 2919-2924.
[6] Le Bourhis A-G., Saunier K., Doré J. et al., Development and validation of PCR primers to assess the diversity of Clostridium spp. in cheese by temporal temperature gradient gel electrophoresis, Appl. Environ. Microbiol. 71, 2005, 29-38.
Recommended resources
[1] Görner F. A Valík Ľ., Aplikovaná mikrobiológia požívatín, Malé centrum 2004.
[2] Jay J. M., Modern Food Microbiology, 6th Edition, Aspen Publishers, Maryland, 2000.
[3] Aranda E., Rodríguez M. M., Assensio M.A. and Córdoba J.J., Detection of Clostridium botulinum types A, B, E and F in foods by PCR and DNA probe., Lett. Appl. Microbiol 25, 1997, 186-1900.
[4] Herman L. M. F., De Block J. H. G. E. and Waes G. M. A. V. J., A direct PCR detection method for Clostridium tyrobutyricum spores in up to 100 milliliters of raw milk, Appl. Environ. Microbiol 61, 1995, 4141-4146.
[5] Klijn N., Nieuwenhof F. F. J., Hoolwerf J. D. et al., Identification of Clostridium tyrobutyricum as the causative agent of late blowing in cheese by species-specific PCR amplication, Appl. Environ. Microbiol. 61, 1995, 2919-2924.
[6] Le Bourhis A-G., Saunier K., Doré J. et al., Development and validation of PCR primers to assess the diversity of Clostridium spp. in cheese by temporal temperature gradient gel electrophoresis, Appl. Environ. Microbiol. 71, 2005, 29-38.
