Tato práce čtenáře uvede do základních principů a pojmů bioinformatiky. Kapitoly 1-7 jsou věnovány bioinformatice jako takové, to znamená otázkám jak se pracuje s daty, jaké jsou formáty dat, kde najdeme informace o sekvencích na internetu a jak se posuzuje podobnost sekvencí. Kapitoly 8-10 nám nastiňují problematiku využitáí nejpoužívanějších algoritmů převzatých z bioinformatiky, které se používají i v jiných aplikacích, než bioinformatických. Praktická část je věnována greedyho algoritmu
Annotation in English
The main part of this bachelor thesis documents philosophy and therms from bioinformatics. In the several first chapters (1-7) the data procesing, data formats, informations sources from internet and qaulify similarity of sequences are the focus of attention. The chapter 8-12 provides an overview of using most widely used bioinformatics algorithms, which they are using in common live. The practical parts included greedy algorithm.
bioinformatics, algorithms, DNA sequences, protein, database
Length of the covering note
61 s., 7 s. obr. příloh
Language
CZ
Annotation
Tato práce čtenáře uvede do základních principů a pojmů bioinformatiky. Kapitoly 1-7 jsou věnovány bioinformatice jako takové, to znamená otázkám jak se pracuje s daty, jaké jsou formáty dat, kde najdeme informace o sekvencích na internetu a jak se posuzuje podobnost sekvencí. Kapitoly 8-10 nám nastiňují problematiku využitáí nejpoužívanějších algoritmů převzatých z bioinformatiky, které se používají i v jiných aplikacích, než bioinformatických. Praktická část je věnována greedyho algoritmu
Annotation in English
The main part of this bachelor thesis documents philosophy and therms from bioinformatics. In the several first chapters (1-7) the data procesing, data formats, informations sources from internet and qaulify similarity of sequences are the focus of attention. The chapter 8-12 provides an overview of using most widely used bioinformatics algorithms, which they are using in common live. The practical parts included greedy algorithm.
bioinformatics, algorithms, DNA sequences, protein, database
Research Plan
Práce bude zaměřena na zpracování materiálů z oblasti bioinformatiky. Bude založena na rešeršní práci realizované pomocí; web of science; a vybraných bioinformatických serverů. Měla by podat ucelený přehled problematiky spolu s odkazy na vybrané internetové stránky.
1. Vypracujte literární rešerši na téma bioinformatika
2. Vypracujte literární rešerši na téma využití evolučních algoritmů, při řešení problémů bioinformatiky
3. Nyvrhněte způpsob optimalizace těchto návrhů, s využitím metod evolučních algoritmů
4. Způsob optimalizace aplikujte na reálné zadání a výsledky podrobte srovnávací analýze
5. Připravte navržený způsob optimalizace pro využití v praxi
Research Plan
Práce bude zaměřena na zpracování materiálů z oblasti bioinformatiky. Bude založena na rešeršní práci realizované pomocí; web of science; a vybraných bioinformatických serverů. Měla by podat ucelený přehled problematiky spolu s odkazy na vybrané internetové stránky.
1. Vypracujte literární rešerši na téma bioinformatika
2. Vypracujte literární rešerši na téma využití evolučních algoritmů, při řešení problémů bioinformatiky
3. Nyvrhněte způpsob optimalizace těchto návrhů, s využitím metod evolučních algoritmů
4. Způsob optimalizace aplikujte na reálné zadání a výsledky podrobte srovnávací analýze
5. Připravte navržený způsob optimalizace pro využití v praxi
Recommended resources
1.Evolutionary Computation in Bioinformatics, Gary B. Fogel, David W. Corne, Morgan Kaufmann, ISBN: 1558607978
2.Bioinformatics dor Dummies, Jean-Michel Claverie, Cedric Notredame, ISBN: 0764516965
3.Zelinka, I.: Umělá inteligence v problémech globální optimalizace, Ben - technická literatura, Praha (2002)
4.Kvasnička V.,Pospíchal J., Tiňo P.: Evolučné algoritmy, STU Bratislava, ISBN 85-246-2000, 2000
5.Lampinen Jouni, Zelinka Ivan, New Ideas in Optimization - Mechanical Engineering Design Omtimization by Differential Evolution. London: McGraw-Hill, 1999.20 p. ISBN 007-709506-5
ZELINKA, Ivan, New Optimization Techniques in Engineering / kap.7 "SOMA - Self Organizing Migrating Algorithm, Springer-Verlag
Recommended resources
1.Evolutionary Computation in Bioinformatics, Gary B. Fogel, David W. Corne, Morgan Kaufmann, ISBN: 1558607978
2.Bioinformatics dor Dummies, Jean-Michel Claverie, Cedric Notredame, ISBN: 0764516965
3.Zelinka, I.: Umělá inteligence v problémech globální optimalizace, Ben - technická literatura, Praha (2002)
4.Kvasnička V.,Pospíchal J., Tiňo P.: Evolučné algoritmy, STU Bratislava, ISBN 85-246-2000, 2000
5.Lampinen Jouni, Zelinka Ivan, New Ideas in Optimization - Mechanical Engineering Design Omtimization by Differential Evolution. London: McGraw-Hill, 1999.20 p. ISBN 007-709506-5
ZELINKA, Ivan, New Optimization Techniques in Engineering / kap.7 "SOMA - Self Organizing Migrating Algorithm, Springer-Verlag
