Bakalářská práce fenomenologicky popisuje interakce hyaluronanu s různými ionty na základě simulací metodou molekulové dynamiky v programu NAMD. Výsledky simulací práce dává do souvislosti s dříve publikovanými teoriemi a hypotézami, jakou jsou Hofmeistrova řada iontů nebo párování iontů s podobnou afinitou k vodě.
Annotation in English
The thesis phenomenologically describes the interaction of hyaluronan with various ions based on simulations using the method of molecular dynamics in NAMD program. The results of simulation the thesis puts into context with the previously published theories and hypotheses, such as the Hofmeister series of ions and the ions pairing with similar affinity to water.
Keywords
molekulová dynamika, polysacharid, vodíkový můstek, Hofmeisterova řada
Bakalářská práce fenomenologicky popisuje interakce hyaluronanu s různými ionty na základě simulací metodou molekulové dynamiky v programu NAMD. Výsledky simulací práce dává do souvislosti s dříve publikovanými teoriemi a hypotézami, jakou jsou Hofmeistrova řada iontů nebo párování iontů s podobnou afinitou k vodě.
Annotation in English
The thesis phenomenologically describes the interaction of hyaluronan with various ions based on simulations using the method of molecular dynamics in NAMD program. The results of simulation the thesis puts into context with the previously published theories and hypotheses, such as the Hofmeister series of ions and the ions pairing with similar affinity to water.
Keywords
molekulová dynamika, polysacharid, vodíkový můstek, Hofmeisterova řada
Prostudujte dostupnou literaturu a informační zdroje vztahující se k zadanému tématu.
Vypracujte literární rešerši na zadané téma.
Popište interakce hyaluronanu s různými ionty na základě simulací v programu NAMD.
Research Plan
Prostudujte dostupnou literaturu a informační zdroje vztahující se k zadanému tématu.
Vypracujte literární rešerši na zadané téma.
Popište interakce hyaluronanu s různými ionty na základě simulací v programu NAMD.
Recommended resources
Jungwirth P., Molekuly a ionty v pohybu: Počítačové simulace biochemických a biofyzikálních procesů. Chem. Listy 108, 278-284 (2014).
Ivanov D., Neamtu A., Molecular dynamics evaluation of hyaluronan interactions with dimethylsilanediol in aqueous solution. Rev. Roum. Chim. 58(2-3), 229-238 (2013).
Almond A., DeAngelis P. L., Blundell Ch. D., Hyaluronan: The Local Solution Conformation Determined by NMR and Computer Modeling is Close a Contracted Left-handed 4-Fold Helix. J. Mol. Biol. 358, 1256-1269 (2006).
Zhang Y., Cremer P. S., Interactions between macromolecules and ions: The Hofmeister series. Current Opinion in Chemical Biology 10, 658-663.
Recommended resources
Jungwirth P., Molekuly a ionty v pohybu: Počítačové simulace biochemických a biofyzikálních procesů. Chem. Listy 108, 278-284 (2014).
Ivanov D., Neamtu A., Molecular dynamics evaluation of hyaluronan interactions with dimethylsilanediol in aqueous solution. Rev. Roum. Chim. 58(2-3), 229-238 (2013).
Almond A., DeAngelis P. L., Blundell Ch. D., Hyaluronan: The Local Solution Conformation Determined by NMR and Computer Modeling is Close a Contracted Left-handed 4-Fold Helix. J. Mol. Biol. 358, 1256-1269 (2006).
Zhang Y., Cremer P. S., Interactions between macromolecules and ions: The Hofmeister series. Current Opinion in Chemical Biology 10, 658-663.
