V přírodě vytváří mikroorganizmy mikrobiální společenstva, jejichž diverzita je typická druhovou bohatostí a relativním zastoupením druhů. Cílem bakalářské práce bylo popsat metody, které lze použít ke studiu mikrobiální diverzity potravin. V současnosti se stále více využívají metody bez potřeby kultivace. Mikrobiální diverzita potravin rostlinného a živočišného původu se zásadně odlišuje. V praktické části byla zkoumána mikroflóra jedlého hmyzu a jedlého květu. Pro stanovení mikrobiální diverzity byly použity molekulární metody ARDRA a TGGE. Ve vzorcích jedlého hmyzu byla prokázána velká mikrobiální rozmanitost, zatímco jedlý květ měl mikroflóru znatelně chudší.
Annotation in English
Microorganisms in nature create microbial communities, whose diversity is typical of the species richness and relative abundance of species. The aim of the thesis was to describe the methods that can be used to study microbial diversity of food. Currently, noncultivation methods are increasingly used. Microbial diversity of foods of plant and animal origin are fundamentally different. In the practical part microflora of edible insects and edible flower was examined. Molecular methods ARDRA and TGGE were used to determine the microbial diversity. Varied microbial diversity was demonstrated in samples of the edible insects, while edible flower flora was significantly poorer.
V přírodě vytváří mikroorganizmy mikrobiální společenstva, jejichž diverzita je typická druhovou bohatostí a relativním zastoupením druhů. Cílem bakalářské práce bylo popsat metody, které lze použít ke studiu mikrobiální diverzity potravin. V současnosti se stále více využívají metody bez potřeby kultivace. Mikrobiální diverzita potravin rostlinného a živočišného původu se zásadně odlišuje. V praktické části byla zkoumána mikroflóra jedlého hmyzu a jedlého květu. Pro stanovení mikrobiální diverzity byly použity molekulární metody ARDRA a TGGE. Ve vzorcích jedlého hmyzu byla prokázána velká mikrobiální rozmanitost, zatímco jedlý květ měl mikroflóru znatelně chudší.
Annotation in English
Microorganisms in nature create microbial communities, whose diversity is typical of the species richness and relative abundance of species. The aim of the thesis was to describe the methods that can be used to study microbial diversity of food. Currently, noncultivation methods are increasingly used. Microbial diversity of foods of plant and animal origin are fundamentally different. In the practical part microflora of edible insects and edible flower was examined. Molecular methods ARDRA and TGGE were used to determine the microbial diversity. Varied microbial diversity was demonstrated in samples of the edible insects, while edible flower flora was significantly poorer.
Zpracujte přehled přístupů a konkrétních metod, které se využívají ke studiu mikrobiální diverzity daného prostředí (kultivačně závislé a nezávislé metody)
Popište studium mikrobiální diverzity potravin (rostlinného a živočišného původu)
II. Praktická část
Izolujte DNA ze vzorků jedlého hmyzu, příp. dalších potravin
ARDRA (PCR-RFLP) analýza
PCR-TGGE analýza
Research Plan
I. Teoretická část
Zpracujte přehled přístupů a konkrétních metod, které se využívají ke studiu mikrobiální diverzity daného prostředí (kultivačně závislé a nezávislé metody)
Popište studium mikrobiální diverzity potravin (rostlinného a živočišného původu)
II. Praktická část
Izolujte DNA ze vzorků jedlého hmyzu, příp. dalších potravin
ARDRA (PCR-RFLP) analýza
PCR-TGGE analýza
Recommended resources
[1]ERCOLINI, Danilo. PCR-DGGE fingerprinting: novel strategies for detection of microbes in food. Journal of Microbiological Methods. 2004, vol. 56, issue 3, s. 297-314. DOI: 10.1016/j.mimet.2003.11.006. Dostupné z: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S016770120300321X
[2]GIRAFFA, Giorgio a Erasmo NEVIANI. DNA-based, culture-independent strategies for evaluating microbial communities in food-associated ecosystems. International Journal of Food Microbiology. 2001, vol. 67, 1-2, s. 19-34. DOI: 10.1016/S0168-1605(01)00445-7. Dostupné z: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0168160501004457
[3]JUSTE, A, B THOMMA a B LIEVENS. Recent advances in molecular techniques to study microbial communities in food-associated matrices and processes. Food Microbiology. 2008, vol. 25, issue 6, s. 745-761. DOI: 10.1016/j.fm.2008.04.009. Dostupné z: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0740002008000786
[4]QUIGLEY, Lisa, Orla O'SULLIVAN, Tom P. BERESFORD, R. Paul ROSS, Gerald F. FITZGERALD a Paul D. COTTER. Molecular approaches to analysing the microbial composition of raw milk and raw milk cheese. International Journal of Food Microbiology. 2011, vol. 150, 2-3, s. 81-94. DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2011.08.001. Dostupné z: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0168160511004454
[5]RANTSIOU, Kalliopi a Luca COCOLIN. New developments in the study of the microbiota of naturally fermented sausages as determined by molecular methods: A review. International Journal of Food Microbiology. 2006, vol. 108, issue 2, s. 255-267. DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2005.11.013. Dostupné z: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0168160506000201
Recommended resources
[1]ERCOLINI, Danilo. PCR-DGGE fingerprinting: novel strategies for detection of microbes in food. Journal of Microbiological Methods. 2004, vol. 56, issue 3, s. 297-314. DOI: 10.1016/j.mimet.2003.11.006. Dostupné z: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S016770120300321X
[2]GIRAFFA, Giorgio a Erasmo NEVIANI. DNA-based, culture-independent strategies for evaluating microbial communities in food-associated ecosystems. International Journal of Food Microbiology. 2001, vol. 67, 1-2, s. 19-34. DOI: 10.1016/S0168-1605(01)00445-7. Dostupné z: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0168160501004457
[3]JUSTE, A, B THOMMA a B LIEVENS. Recent advances in molecular techniques to study microbial communities in food-associated matrices and processes. Food Microbiology. 2008, vol. 25, issue 6, s. 745-761. DOI: 10.1016/j.fm.2008.04.009. Dostupné z: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0740002008000786
[4]QUIGLEY, Lisa, Orla O'SULLIVAN, Tom P. BERESFORD, R. Paul ROSS, Gerald F. FITZGERALD a Paul D. COTTER. Molecular approaches to analysing the microbial composition of raw milk and raw milk cheese. International Journal of Food Microbiology. 2011, vol. 150, 2-3, s. 81-94. DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2011.08.001. Dostupné z: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0168160511004454
[5]RANTSIOU, Kalliopi a Luca COCOLIN. New developments in the study of the microbiota of naturally fermented sausages as determined by molecular methods: A review. International Journal of Food Microbiology. 2006, vol. 108, issue 2, s. 255-267. DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2005.11.013. Dostupné z: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0168160506000201
