Tato bakalářská práce je zaměřena na aplikovatelnost metody izotermální amplifikace DNA (LAMP) pro přímou detekci mykobakterií ve vodách. Shromažďuje současné teoretické poznatky, na jejichž základě proběhly experimenty potvrzující danou metodu a představuje tak ucelený úvod do dané problematiky. Podařilo se nám optimalizovat reakční podmínky pro detekci Mycobacterium phlei pomocí LAMP a detekce barvivem SYBR Green. Optimální reakční podmínky byly 63°C a koncentrace Mg2+ 4 mM. Produkt lze bezpečně detekovat po 90 minutách. Zjistili jsme, že detekce M. phlei pomocí fluorescenčního DNA barviva GelStar v UV je výrazně méně citlivá a spolehlivá. M. phlei se nám podařilo ve všech případech detekovat gelovou elektroforézou v agarosovém gelu.
Anotace v angličtině
This bachelor thesis is focused on the applicability of the loop mediated isothermal DNA amplification (LAMP) for the direct detection of Mycobacteria in water. It reviews contemporary theoretical information together with practical experimental testing of the LAMP method and also represents coherent introduction to the LAMP issues. We optimized reaction conditions for the detection of Mycobacteria phlei with SYBR Green DNA stain. The optimal conditions were 63°C and 4 mM of Mg2+. The Product could be securely detected after 90 minutes of the reaction. We found out, that the detection of Mycobacteria phlei by fluorescence GelStar DNA stain in UV is not reliable and enough sensitive. By agarose gel electrophoresis we successfully detected Mycobacteria phlei in all cases.
Klíčová slova
LAMP, PCR, DNA, primer, izotermální amplifikace, GelStar, SYBR Green
Klíčová slova v angličtině
Keywords: LAMP, PCR, DNA, primer, Isothermal Amplification, Gel Star, SYBR Green
Rozsah průvodní práce
47 s. (60 428 znaků)
Jazyk
CZ
Anotace
Tato bakalářská práce je zaměřena na aplikovatelnost metody izotermální amplifikace DNA (LAMP) pro přímou detekci mykobakterií ve vodách. Shromažďuje současné teoretické poznatky, na jejichž základě proběhly experimenty potvrzující danou metodu a představuje tak ucelený úvod do dané problematiky. Podařilo se nám optimalizovat reakční podmínky pro detekci Mycobacterium phlei pomocí LAMP a detekce barvivem SYBR Green. Optimální reakční podmínky byly 63°C a koncentrace Mg2+ 4 mM. Produkt lze bezpečně detekovat po 90 minutách. Zjistili jsme, že detekce M. phlei pomocí fluorescenčního DNA barviva GelStar v UV je výrazně méně citlivá a spolehlivá. M. phlei se nám podařilo ve všech případech detekovat gelovou elektroforézou v agarosovém gelu.
Anotace v angličtině
This bachelor thesis is focused on the applicability of the loop mediated isothermal DNA amplification (LAMP) for the direct detection of Mycobacteria in water. It reviews contemporary theoretical information together with practical experimental testing of the LAMP method and also represents coherent introduction to the LAMP issues. We optimized reaction conditions for the detection of Mycobacteria phlei with SYBR Green DNA stain. The optimal conditions were 63°C and 4 mM of Mg2+. The Product could be securely detected after 90 minutes of the reaction. We found out, that the detection of Mycobacteria phlei by fluorescence GelStar DNA stain in UV is not reliable and enough sensitive. By agarose gel electrophoresis we successfully detected Mycobacteria phlei in all cases.
Klíčová slova
LAMP, PCR, DNA, primer, izotermální amplifikace, GelStar, SYBR Green
Klíčová slova v angličtině
Keywords: LAMP, PCR, DNA, primer, Isothermal Amplification, Gel Star, SYBR Green
Zásady pro vypracování
1. Proveďte literární rešerši na dané téma.
2. Navrhněte experimenty vedoucí k ověření metody.
3. Proveďte příslušné experimenty.
4. Teorii, výsledky a diskuzi sepište v předepsané formě.
Zásady pro vypracování
1. Proveďte literární rešerši na dané téma.
2. Navrhněte experimenty vedoucí k ověření metody.
3. Proveďte příslušné experimenty.
4. Teorii, výsledky a diskuzi sepište v předepsané formě.
Seznam doporučené literatury
Databáze vědecké literatury.
Seznam doporučené literatury
Databáze vědecké literatury.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
grafy, schémata, tabulky
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Student odpověděl na dotazy uvedené v recenzním posudku a odpověděl na dotazy, které mu položili členové komise.