V této práci jsou studovány látky s inhibičním účinkem, které produkují bakterie rodu Pseudomonas. Pozornost je věnována zejména bakteriocinům, které se u bakterií rodu Pseudomonas nazývají pyociny. Pyociny spadají do skupiny bílkovinných látek, jež mají antimikrobiální účinky. Současný pokrok v sekvenačních technikách přispívá k rozvoji a rychlému rozšiřování genomových databází. Tyto sekvence lze porovnávat s nově sekvenovanými částmi DNA a je možné zjistit, zda příslušný kmen disponuje geny pro produkci pyocinů. Přestože studovaný kmen Pseudomonas fulva 373 produkuje látky s inhibičním účinkem, po srovnání s databází anotovaných genomů bylo zjištěno, že se u této bakterie nevyskytuje žádný dosud popsaný pyocin. Mohlo by to znamenat produkci nového, zatím nepopsaného bakteriocinu.
Annotation in English
In this work, substances with an inhibitory activity produced by Pseudomonas genus were studied. The focus was on bacteriocins of Pseudomonas which are called pyocins. Pyocins belong into a group of protein based compounds that have an antimicrobial activity. Genome sequencing techniques developed a new approaches and utilization of identifying a large number of pyocins. Extensively growing databases provide a lot of genomic records. These sequences can be compared to newly sequenced DNA parts, and it is possible to determine whether the studied strain has genes for pyocin production. Although the studied strain of Pseudomonas fulva 373 produces compounds with an inhibition activity. In comparison with annotated genomes in database, it was found out that no pyocin has been found in this strain. It could mean the production of a new, still undiscovered bacteriocin.
Keywords
Pseudomonas, pyocin, genom, inhibice, DNA sekvenování
Keywords in English
Pseudomonas, pyocin, genome, inhibition activity, DNA sequencing
Length of the covering note
91
Language
CZ
Annotation
V této práci jsou studovány látky s inhibičním účinkem, které produkují bakterie rodu Pseudomonas. Pozornost je věnována zejména bakteriocinům, které se u bakterií rodu Pseudomonas nazývají pyociny. Pyociny spadají do skupiny bílkovinných látek, jež mají antimikrobiální účinky. Současný pokrok v sekvenačních technikách přispívá k rozvoji a rychlému rozšiřování genomových databází. Tyto sekvence lze porovnávat s nově sekvenovanými částmi DNA a je možné zjistit, zda příslušný kmen disponuje geny pro produkci pyocinů. Přestože studovaný kmen Pseudomonas fulva 373 produkuje látky s inhibičním účinkem, po srovnání s databází anotovaných genomů bylo zjištěno, že se u této bakterie nevyskytuje žádný dosud popsaný pyocin. Mohlo by to znamenat produkci nového, zatím nepopsaného bakteriocinu.
Annotation in English
In this work, substances with an inhibitory activity produced by Pseudomonas genus were studied. The focus was on bacteriocins of Pseudomonas which are called pyocins. Pyocins belong into a group of protein based compounds that have an antimicrobial activity. Genome sequencing techniques developed a new approaches and utilization of identifying a large number of pyocins. Extensively growing databases provide a lot of genomic records. These sequences can be compared to newly sequenced DNA parts, and it is possible to determine whether the studied strain has genes for pyocin production. Although the studied strain of Pseudomonas fulva 373 produces compounds with an inhibition activity. In comparison with annotated genomes in database, it was found out that no pyocin has been found in this strain. It could mean the production of a new, still undiscovered bacteriocin.
Keywords
Pseudomonas, pyocin, genom, inhibice, DNA sekvenování
Keywords in English
Pseudomonas, pyocin, genome, inhibition activity, DNA sequencing
Research Plan
I. Teoretická část
Zástupci rodu Pseudomonas
Inhibiční látky produkované bakteriemi rodu Pseudomonas
