Cílem diplomové práce bylo ověřit funkčnost a optimalizovat podmínky primerů, jejichž produkty je možno aplikovat na TGGE. Skupiny použitých primerů byly převzaty z literatury a to jak universální primery pro Eubacteria, tak vybrané specifické primery pro některé taxonomické skupiny bakterií v rámci říše Eubacteria. Testovány byly primery pro Alfaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria a Actinobacteria. Rovněž byly optimalizovány některé parametry reakce s těmito primery. Jako templátová DNA byla použita DNA izolovaná z aktivovaného kalu z čistírny odpadních vod. Byla ověřena funkčnost všech primerů, avšak výjimkou byla Alfaproteobacteria, která se stanovovanou DNA opakovaně neposkytla očekávaný produkt. Jako obecný závěr můžeme konstatovat, že u optimalizace primerů je nejvhodnější snížení koncentrace primerů na 0,8 pmol/?l.
Annotation in English
The aim of this thesis was to verify the functionality and optimize the conditions for primers, whose products can be applied to TGGE. Primers were obtained from literature both universal primers for Eubacteria and selected specific primers for some taxonomic groups of bacteria in the Eubacteria group. Primers were tested for Alfaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, and Actinobacteria. Also, some reaction parameters were optimized with these primers. DNA isolated from activated sludge from wastewater treatment plants was used as the template DNA. The functionality of all primers were verified, except Alfaproteobacteria which repeatedly failed to provide the expected product together with determining DNA. As a general conclusion it can be said that reducing concentration of primers to 0,8 pmol/?l is the most proper for primer optimalization.
Keywords
PCR, TGGE, DNA, primer, optimalizace
Keywords in English
PCR, TGGE, DNA, primer, optimalizatoin
Length of the covering note
92 s.
Language
CZ
Annotation
Cílem diplomové práce bylo ověřit funkčnost a optimalizovat podmínky primerů, jejichž produkty je možno aplikovat na TGGE. Skupiny použitých primerů byly převzaty z literatury a to jak universální primery pro Eubacteria, tak vybrané specifické primery pro některé taxonomické skupiny bakterií v rámci říše Eubacteria. Testovány byly primery pro Alfaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria a Actinobacteria. Rovněž byly optimalizovány některé parametry reakce s těmito primery. Jako templátová DNA byla použita DNA izolovaná z aktivovaného kalu z čistírny odpadních vod. Byla ověřena funkčnost všech primerů, avšak výjimkou byla Alfaproteobacteria, která se stanovovanou DNA opakovaně neposkytla očekávaný produkt. Jako obecný závěr můžeme konstatovat, že u optimalizace primerů je nejvhodnější snížení koncentrace primerů na 0,8 pmol/?l.
Annotation in English
The aim of this thesis was to verify the functionality and optimize the conditions for primers, whose products can be applied to TGGE. Primers were obtained from literature both universal primers for Eubacteria and selected specific primers for some taxonomic groups of bacteria in the Eubacteria group. Primers were tested for Alfaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, and Actinobacteria. Also, some reaction parameters were optimized with these primers. DNA isolated from activated sludge from wastewater treatment plants was used as the template DNA. The functionality of all primers were verified, except Alfaproteobacteria which repeatedly failed to provide the expected product together with determining DNA. As a general conclusion it can be said that reducing concentration of primers to 0,8 pmol/?l is the most proper for primer optimalization.
Keywords
PCR, TGGE, DNA, primer, optimalizace
Keywords in English
PCR, TGGE, DNA, primer, optimalizatoin
Research Plan
1. Ověřit použitelnost skupiny PCR primerů pro přípravu vstupního materiálu pro TGGE. 2. Optimalizovat podmínky PCR pro vybrané primery. 3. V závislosti na časových možnostech uskutečnit další experimenty. 4. Provést literární rešerši a zpracovat výsledky experimentů do formy DP.
Research Plan
1. Ověřit použitelnost skupiny PCR primerů pro přípravu vstupního materiálu pro TGGE. 2. Optimalizovat podmínky PCR pro vybrané primery. 3. V závislosti na časových možnostech uskutečnit další experimenty. 4. Provést literární rešerši a zpracovat výsledky experimentů do formy DP.
Recommended resources
Odborné publikace v databázových zdrojích na internetu
Recommended resources
Odborné publikace v databázových zdrojích na internetu
