Předkládaná diplomová práce se zabývá zavedením metody Real Time-PCR pro detekci speF genu, tedy genu kódujícího ornithindekaboxylasu. Tento enzym katalyzuje dekarboxylaci L-ornithinu na putrescin u Gram negativních bakterií. Putrescin je jedním z hlavních biogenních aminů, jehož výskyt je úzce spojován s mikrobiálním kažením potravin. V průběhu práce byla rovněž sledována exprese daného genu, metodou relativní kvantifikace, u Escherichia coli v závislosti na rozdílných kultivačních podmínkách.
Získané výsledky dokumentují, že byla zavedena a optimalizována metoda Real Time-PCR pro detekci speF genu. Pomocí této metody je rovněž možné sledovat úroveň exprese daného genu v závislosti na různých podmínkách.
Annotation in English
Presented thesis concentrates on the establishment of Real Time-PCR method for detection of speF gene which encodes ornithine decarboxylase. This enzyme is responsible for decarboxylation of L-ornithine to putrescine in Gram-negative bacteria. Putrescin is one of the main biogenic amines and its occurence is linked to microbial degradation of food. Furthermore, the role of various cultivating conditions on the expression of particular gene in Escherichia coli using relative quantification approach was also tested in this thesis.
Results obtained in experimental part of this work confirm development and optimalization of realtime PCR method for detection of speF gene. Moreover, this method can be useful tool for evaluation of speF gene expression dependent on different cultivating conditions.
Předkládaná diplomová práce se zabývá zavedením metody Real Time-PCR pro detekci speF genu, tedy genu kódujícího ornithindekaboxylasu. Tento enzym katalyzuje dekarboxylaci L-ornithinu na putrescin u Gram negativních bakterií. Putrescin je jedním z hlavních biogenních aminů, jehož výskyt je úzce spojován s mikrobiálním kažením potravin. V průběhu práce byla rovněž sledována exprese daného genu, metodou relativní kvantifikace, u Escherichia coli v závislosti na rozdílných kultivačních podmínkách.
Získané výsledky dokumentují, že byla zavedena a optimalizována metoda Real Time-PCR pro detekci speF genu. Pomocí této metody je rovněž možné sledovat úroveň exprese daného genu v závislosti na různých podmínkách.
Annotation in English
Presented thesis concentrates on the establishment of Real Time-PCR method for detection of speF gene which encodes ornithine decarboxylase. This enzyme is responsible for decarboxylation of L-ornithine to putrescine in Gram-negative bacteria. Putrescin is one of the main biogenic amines and its occurence is linked to microbial degradation of food. Furthermore, the role of various cultivating conditions on the expression of particular gene in Escherichia coli using relative quantification approach was also tested in this thesis.
Results obtained in experimental part of this work confirm development and optimalization of realtime PCR method for detection of speF gene. Moreover, this method can be useful tool for evaluation of speF gene expression dependent on different cultivating conditions.
1. Vypracovat literární rešerši, která se bezprostředně týká daného tématu. 2. Zavést metodu RT-PCR pro detekci vybraného genu. 3. Analyzovat genovou expresi relativní kvantifikací. 4. V závislosti na časových možnostech uskutečnit další experimenty s reálnými vzorky. 5. Teorii, metodiku, výsledky experimentů a diskusi sepsat do formy diplomové práce.
Research Plan
1. Vypracovat literární rešerši, která se bezprostředně týká daného tématu. 2. Zavést metodu RT-PCR pro detekci vybraného genu. 3. Analyzovat genovou expresi relativní kvantifikací. 4. V závislosti na časových možnostech uskutečnit další experimenty s reálnými vzorky. 5. Teorii, metodiku, výsledky experimentů a diskusi sepsat do formy diplomové práce.
Recommended resources
Vědecké databáze (Web of Science), vědecká a odborná literatura.
Recommended resources
Vědecké databáze (Web of Science), vědecká a odborná literatura.
