V teoretické části diplomové práce byla charakterizována bakterie Escherichia coli, producent antibakteriálních proteinů - bakteriocinů. Byly popsány základní vlastnosti kolicinů a mikrocinů, jejich klasifikace a detekce pomocí metody PCR, která je věnována část teoretické práce. Cílem praktické části bylo nejdříve ověřit metodou PCR identifikaci Escherichia coli u daného souboru kmenů izolovaných z potravin a ověřit specificitu primerů pro detekci E. coli na souboru kmenů E. coli a na souboru kmenů jiných než E. coli a dále optimalizovat multiplex PCR pro detekci bakteriocinů. Byl tedy sestaven systém pro detekci bakteriocinů. Použitím tohoto postupu bylo možno detekovat při jedné reakci dva různé bakteriociny. Tento systém byl aplikován na kolicinogenní kmeny E. coli izolované z chlazené drůbeže. Tyto kmeny produkují osm typů kolicinů a jeden typ mikrocinu. Nejčastěji byly zastoupeny koliciny E7, Ia a Ib.
Anotace v angličtině
Escherichia coli, producer of antibacterial proteins - bacteriocins, were characterized in the theoretical part. The basic properties, detection by PCR method and classification of colicins and microcins were described. The aim of this work was at first verified identification of Escherichia coli by PCR in a given set of strains isolated from food. Next part of the work was subjected to verify the specificity of primers for detection of E. coli on a set of E. coli strains and a set of strains other than E. coli. The main aim was to optimize multiplex PCR for the detection of bacteriocins. The system for the detection of bacteriocins was established. It was possible to detect two different bacteriocins in one reaction. This system was applied on colicinogenic E. coli strains isolated from chilled poultry. These strains produced eight types of colicins and one type of microcin. The most frequently were represented in the colicins E7, Ia and Ib.
Klíčová slova
polymerázová řetězová reakce (PCR), Escherichia coli, bakteriocin, optimalizace
V teoretické části diplomové práce byla charakterizována bakterie Escherichia coli, producent antibakteriálních proteinů - bakteriocinů. Byly popsány základní vlastnosti kolicinů a mikrocinů, jejich klasifikace a detekce pomocí metody PCR, která je věnována část teoretické práce. Cílem praktické části bylo nejdříve ověřit metodou PCR identifikaci Escherichia coli u daného souboru kmenů izolovaných z potravin a ověřit specificitu primerů pro detekci E. coli na souboru kmenů E. coli a na souboru kmenů jiných než E. coli a dále optimalizovat multiplex PCR pro detekci bakteriocinů. Byl tedy sestaven systém pro detekci bakteriocinů. Použitím tohoto postupu bylo možno detekovat při jedné reakci dva různé bakteriociny. Tento systém byl aplikován na kolicinogenní kmeny E. coli izolované z chlazené drůbeže. Tyto kmeny produkují osm typů kolicinů a jeden typ mikrocinu. Nejčastěji byly zastoupeny koliciny E7, Ia a Ib.
Anotace v angličtině
Escherichia coli, producer of antibacterial proteins - bacteriocins, were characterized in the theoretical part. The basic properties, detection by PCR method and classification of colicins and microcins were described. The aim of this work was at first verified identification of Escherichia coli by PCR in a given set of strains isolated from food. Next part of the work was subjected to verify the specificity of primers for detection of E. coli on a set of E. coli strains and a set of strains other than E. coli. The main aim was to optimize multiplex PCR for the detection of bacteriocins. The system for the detection of bacteriocins was established. It was possible to detect two different bacteriocins in one reaction. This system was applied on colicinogenic E. coli strains isolated from chilled poultry. These strains produced eight types of colicins and one type of microcin. The most frequently were represented in the colicins E7, Ia and Ib.
Klíčová slova
polymerázová řetězová reakce (PCR), Escherichia coli, bakteriocin, optimalizace
Metody molekulární biologie využívané pro stanovení bakteriocinů.
Multiplex PCR.
II. Praktická část
Identifikace kmenů E.coli netodou PCR.
Detekce kolicinu a mikrocinu u kolicinogenních kmenů E.coli pomocí PCR.
Optimalizace multiplex PCR.
Zásady pro vypracování
I. Teoretická část
Bakteriociny produkované kmeny Escherichia coli.
Metody molekulární biologie využívané pro stanovení bakteriocinů.
Multiplex PCR.
II. Praktická část
Identifikace kmenů E.coli netodou PCR.
Detekce kolicinu a mikrocinu u kolicinogenních kmenů E.coli pomocí PCR.
Optimalizace multiplex PCR.
Seznam doporučené literatury
[1]ŠMARDA, J. a OBDRŽÁLEK, V. Incidence of colicinogenic strains among human
Escherichia coli. J.Basic Microbiol. 2001; 41: 367-374.
[2]ŠMARDA, J., ŠMAJS, D. Colicins - Exocellular Lethal Proteins. Folia Microbiol. 1998; 43: 563-582.
[3] TRAUTNER, B.W., HULL, R.A., DAROUICHE, R.O. (2005): Colicins prevent colo-nization of urinary catheters. J. Antimicrob. Chemother. 56: 413-415.
[4]KRÁLOVÁ, B. Bioanalytické metody. 1.vyd., Praha: VŠCHT 2001, s.254.
Seznam doporučené literatury
[1]ŠMARDA, J. a OBDRŽÁLEK, V. Incidence of colicinogenic strains among human
Escherichia coli. J.Basic Microbiol. 2001; 41: 367-374.
[2]ŠMARDA, J., ŠMAJS, D. Colicins - Exocellular Lethal Proteins. Folia Microbiol. 1998; 43: 563-582.
[3] TRAUTNER, B.W., HULL, R.A., DAROUICHE, R.O. (2005): Colicins prevent colo-nization of urinary catheters. J. Antimicrob. Chemother. 56: 413-415.
[4]KRÁLOVÁ, B. Bioanalytické metody. 1.vyd., Praha: VŠCHT 2001, s.254.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
ilustrace
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Studentce nebyly ze strany komise položeny žádné otázky.
Na otázky oponenta studentka odpovídala jistě a s přehledem. Prokázala schopnost samostatně a logicky myslet.