|
Vyučující
|
|
|
|
Obsah předmětu
|
- Úvod do informačních technologií. - Elektronické databáze (Web of Science, Science Direct, Scopus). - Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI). - Biochemické mapy. Fylogenetické stromy. - Geny organismů. Sekvence a analýza sekvencí. - Analýza genomu - identifikace; vyhledávání charakteristických sekvencí. - Návrh primerů pro PCR/ real time-PCR. - Možnosti vyhodnocení elektroforetických gelů a amplifikačních křivek. - Modelování a návrh struktury proteinů. - Statistické metody hodnocení dat.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Praktické procvičování
- Příprava na zápočet
- 30 hodin za semestr
|
| Výsledky učení |
|---|
| Odborné znalosti |
|---|
| Rozumět základním principům a aplikacím informačních technologií v oblasti biotechnologií a molekulární biologie |
| Rozumět základním principům a aplikacím informačních technologií v oblasti biotechnologií a molekulární biologie |
| Znalost hlavních elektronických databází jako jsou Web of Science, Science Direct, a Scopus, a jejich použití pro vyhledávání vědecké literatury a dat |
| Znalost hlavních elektronických databází jako jsou Web of Science, Science Direct, a Scopus, a jejich použití pro vyhledávání vědecké literatury a dat |
| Rozumět funkcím a použití NCBI (National Center for Biotechnology Information) pro přístup k biologickým datům |
| Rozumět funkcím a použití NCBI (National Center for Biotechnology Information) pro přístup k biologickým datům |
| Chápat princip tvorby fylogenetických stromů pro analýzu evolučních vztahů mezi organismy nebo geny |
| Chápat princip tvorby fylogenetických stromů pro analýzu evolučních vztahů mezi organismy nebo geny |
| Znalost principů a metod pro sekvenování DNA a RNA a analýzu dat |
| Znalost principů a metod pro sekvenování DNA a RNA a analýzu dat |
| Znalost kritérií pro návrh efektivních primerů a použití specializovaných softwarových nástrojů |
| Znalost kritérií pro návrh efektivních primerů a použití specializovaných softwarových nástrojů |
| Vysvětlit princip amplifikačních křivek získaných z real-time PCR a kvantifikace cílových sekvencí |
| Vysvětlit princip amplifikačních křivek získaných z real-time PCR a kvantifikace cílových sekvencí |
| Znalost základních statistických metod pro hodnocení biotechnologických a molekulárně biologických dat |
| Znalost základních statistických metod pro hodnocení biotechnologických a molekulárně biologických dat |
| Odborné dovednosti |
|---|
| Kriticky hodnotit vědecké informace a data z různých zdrojů |
| Kriticky hodnotit vědecké informace a data z různých zdrojů |
| Efektivně vyhledávat a spravovat vědecké publikace v elektronických databázích, jako jsou Web of Science, Science Direct, a Scopus |
| Efektivně vyhledávat a spravovat vědecké publikace v elektronických databázích, jako jsou Web of Science, Science Direct, a Scopus |
| Pracovat s bioinformatickými nástroji a technologiemi pro zpracování a analýzu biologických dat |
| Pracovat s bioinformatickými nástroji a technologiemi pro zpracování a analýzu biologických dat |
| Vyhledávat genetické a proteinové sekvence v databázích NCBI, jako je GenBank |
| Vyhledávat genetické a proteinové sekvence v databázích NCBI, jako je GenBank |
| Vyhodnocovat amplifikační křivky z real-time PCR pro přesné měření genové exprese |
| Vyhodnocovat amplifikační křivky z real-time PCR pro přesné měření genové exprese |
| Interpretovat výsledky elektroforézy a amplifikace pro potvrzení experimentálních hypotéz |
| Interpretovat výsledky elektroforézy a amplifikace pro potvrzení experimentálních hypotéz |
| Používat software pro návrh primerů a optimalizaci PCR reakcí |
| Používat software pro návrh primerů a optimalizaci PCR reakcí |
| Používat bioinformatické nástroje k analýze genomových sekvencí a zjišťování genetických variací |
| Používat bioinformatické nástroje k analýze genomových sekvencí a zjišťování genetických variací |
| Interpretovat výsledky sekvenování a porovnávání sekvencí mezi různými organismy |
| Interpretovat výsledky sekvenování a porovnávání sekvencí mezi různými organismy |
| Používat softwarové nástroje pro tvorbu fylogenetických stromů a jejich analýzu |
| Používat softwarové nástroje pro tvorbu fylogenetických stromů a jejich analýzu |
| Vyučovací metody |
|---|
| Odborné znalosti |
|---|
| Monologická (výklad, přednáška, instruktáž) |
| Monologická (výklad, přednáška, instruktáž) |
| Metody práce s textem (učebnicí, knihou) |
| Metody práce s textem (učebnicí, knihou) |
| Odborné dovednosti |
|---|
| Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming) |
| Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming) |
| Praktické procvičování |
| Praktické procvičování |
| Hodnotící metody |
|---|
| Odborné znalosti |
|---|
| Známkou |
| Známkou |
| Didaktický test |
| Didaktický test |
|
Doporučená literatura
|
-
GLANTZ, S.A. Primer of Biostatistics, 7th Ed.. McGraw-Hill Companies, 2012. ISBN 978-0-07-179440-4.
-
MOTULSKY, H. Intuitive Biostatistics: A Nonmathematical Guide to Statistical Thinking, 3rd Ed.. Oxford, 2014. ISBN 978-0199946648.
-
QUINN, G.P., KEOUGH, M.J. Experimental Design and Data Analysis for Biologists. Cambridge, 2002. ISBN 0521811287.
-
SURZYCKI, S. Basic Techniques in Molecular Biology. Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2000. ISBN 978-3-642-56968-5.
-
ŠMARDA, J. Metody molekulární biologie. Brno: MU Brno, 2008. ISBN 978-80-210-3841-7.
-
van PELT-VERKUIL, E., van BELKUM, A., HAYS, J.P. Principles and Technical Aspects of PCR Amplification. Springer, Dordrecht, 2008. ISBN 978-1-4020-6240-7.
|